Wokół programu e-podręczników pojawia się coraz więcej kontrowersji. Najwięksi wydawcy skupieni w Porozumieniu Nowoczesna Edukacja (PNE) uważają, że realizacja projektu może doprowadzić do złamania prawa antymonopolowego. Przykłady z innych krajów (np. Norwegii) pokazują, że wprowadzanie jedynie słusznego, darmowego e-podręcznika tworzonego przez państwo może uczynić więcej szkody dla cyfryzacji edukacji niż korzyści.