Posiada także zabytkowe wnętrze oraz ciekawą historię, która rozpoczyna się od legendy. Według niej w miejscu tym stała wcześniej pogańska świątynia poświęcona bogini Ledzie.
Płonął w niej wieczny ogień, którego strzegły i podtrzymywały go kapłanki – dziewice. Zmieniały się one co roku, ale w czasie służby w świątyni nie wolno im było ani odchodzić od ognia, ani zmywać z ciała pokrywającej go sadzy. Musiały też znaleźć swoje następczynie, szukając ich w okolicy. Do tamtych poszukiwań nawiązuje lokalny obyczaj wielkanocny Siuda Baba. Przebrany za kobietę, czarny od sadzy mężczyzna z naszyjnikiem z ziemniaków i batem w ręku, obchodzi wówczas w towarzystwie kominiarza i krakowiaków okoliczne domy brudząc sadzą domowników. Oczywiście można wykupić się od tego drobnym datkiem, lub… pocałunkiem jego brudnej twarzy.
Natomiast historia tej świątynki sięga epidemii cholery na przełomie lat 70-tych i 80-tych XVI wieku. Zmarłych na nią grzebano na oddalonym od centrum miasta Wzgórzu Lednickim. Mieszkańcy Wieliczki złożyli wówczas ślubowanie, że jeśli uda się zatrzymać mór, wybudują jako wotum wdzięczności kościół. I stanął on obok tamtego cmentarza. Budowę, początkowo niewielkiego kościółka z modrzewiowych bali, rozpoczętą w roku 1581 z ofiar ludności, dokończył krakowski żupnik Sebastian Lubomirski, a konsekrowano go dopiero w 1598 roku pod wezwaniem św. Sebastiana.
Według jednych źródeł dla uczczenia współfundatora, a innych zaś dlatego, że ten święty z III w. był i jest patronem m.in. w chorobach zakaźnych oraz orędownikiem w czasach epidemii. Skromna świątynia była początkowo tylko filią kościoła parafialnego w Wieliczce i modlili się w niej głównie mieszkańcy okolicznych wsi: Lednicy, Kłosowa, Rożnowej i Sierczy oraz najbliższych domów miasta. W 1744 r. kościółek wzbogacił się o organy wykonane przez mnicha – cystersa z Jędrzejowa, Eliasza Wykuszewskiego oraz postawioną przez niego latarnię z sygnaturką.
Większych zmian dokonano natomiast z okazji 200-lecia konsekracji kościoła. Został on rozbudowany, otrzymał trzy ołtarze. W głównym umieszczono obraz patrona, a w bocznych krucyfiks i obraz Matki Bożej namalowany przez Floriana Cynka. Pod zaborem austriackim kościółek św. Sebastiana rząd wystawił na licytację, na której kupiło go miasto Wieliczka za 271 złotych reńskich i 58,5 krajcarów, czyli obecnie około 670 tys. zł. wg. aktualnej ceny skupu złota próby 900. I stał się on kościołem parafialnym do czasu wybudowania nowej fary. Dotychczasową, murowaną z XIV w. p.w. św. Klemensa, trzeba było rozebrać w 1786 r. po nieodwracalnych uszkodzeniach spowodowanych cztery lata wcześniej trzęsieniem ziemi i szkodami górniczymi.
Po konsekracji w 1825 r. w Wieliczce nowego kościoła parafialnego, kościółek św. Sebastiana popadł niemal w zapomnienie, a przez pewien czas służył nawet jako austriacki magazyn. Przypomniano sobie o nim dopiero w związku z 300-leciem konsekracji. Efekty ówczesnego, gruntownego odnowienia go, możemy oglądać także współcześnie. Zajęcie się wnętrzem powierzono artyście malarzowi Włodzimierzowi Tetmajerowi z Bronowic, przyrodniemu bratu poety okresu Młodej Polski Kazimierza Przerwy – Tetmajera. W latach 1903-1910 pokrył on, przy pomocy Józefa Mikulskiego, wnętrze imponującą polichromią.
Odnowił też obraz św, Sebastiana w ołtarzu głównym oraz dwa XVI-wieczne w bocznych: Matki Bożej ze świętymi: Sebastianem i Rochem oraz świętych: Mikołaja, Andrzeja i Katarzyny. Jako ciekawostkę warto wspomnieć, że Włodzimierz Tetmajer, który podobno prace te wykonał bezinteresownie i bez wynagrodzenia, otrzymał od wdzięcznych mieszkańców srebrny pucharek z dziękczynną inskrypcją, który znajduje się obecnie w zbiorach Muzeum Żup Krakowskich z Zamku Żupnym w Wieliczce. Równocześnie w trakcie tamtego odnawiania kościoła, artysta malarz Stanisław Matejko, bratanek sławnego Jana, zaprojektował do niego piękne witraże.
Ostatnie większe odnawianie tego kościoła miało miejsce z okazji 400-lecia jego konsekracji. Wyremontowano wówczas konstrukcję dachu, odświeżono ołtarz główny i organy oraz XVI-wieczne obrazy, których oryginały trafiły jednak do Muzeum Diecezjalnego w Krakowie. Kościółek, od 2013 r. parafialny, wzbogacił się również o dwa nowe dzwony. Najciekawsze są w nim: rokokowy ołtarz główny, z obrazem św. Sebastiana z XVIII wieku, dwa ołtarze boczne: wczesnobarokowy w obrazem NMP z Dzieciątkiem i barokowy z krucyfiksem z XVII w. i zabytkowe organy.
A także wspomniane polichromie Włodzimierza Tetmajera na ścianach i stropie oraz witraże wykonane według projektów Stanisława Matejki. W roku 2000 koło kościoła wzniesiono Pomnik Tysiąclecia, jako wotum dziękczynne dla upamiętnienia 20 wieków chrześcijaństwa. Jest to więc ważny i bardzo ciekawy zabytek Wieliczki klasy zerowej, stojący w naprawdę malowniczym, uroczym miejscu, wśród kilkusetletnich drzew na Wzgórzu Lednickim. Mimo iż trochę odległym od centrum miasta, wartym spaceru lub dojazdu.
Odkryte podczas prac badawczych zabytkowe polichromie w kościele Res Sacra Miser przy Krakowskim Przedmieściu stały się atrakcją Traktu Królewskiego. Obecnie trwa ich konserwacja.
a