Jednym z największych zagrożeń będzie gąszcz patentów, ponieważ w Polsce nie będzie dostępna pełna informacja dotycząca wszystkich patentów obowiązujących w naszym kraju. Konsekwencją tego będzie stopniowa marginalizacja rodzimego Urzędu Patentowego. Ewidentnie dyskryminowana jest reszta języków ojczystych w UE. Beneficjentami systemu będą wyłącznie kraje wysoko rozwinięte technologicznie z silnym potencjałem technologicznej innowacyjności, a także dysponujące znaczącymi funduszami na badania i rozwój, włączając w to również duże koncerny międzynarodowe. Dla krajów poszkodowanych, takich jak Polska, w skład zwiększonych kosztów wejdą koszty tłumaczeń, które zostały przerzucone na podmioty chętne na zapoznanie się z treścią patentów. Podmiot uprawniony z patentu zostanie zwolniony z obowiązku tłumaczenia na języki państw, w których będzie korzystał z monopolu patentowego. Tymczasem czołowe państwa UE, takie jak Hiszpania i Włochy, odmówiły przystąpienia do systemu.
Należy sobie zadać pytanie na temat celowości tworzenia struktur i rozwiązań równoległych do już istniejących w ramach europejskiego systemu ochrony patentowej. Jest to działanie ze wszech miar niezrozumiałe i tylko jedna okoliczność może je tłumaczyć: czołowe gospodarki europejskie szykują się na rozpad UE, bądź marginalizację jej organów i chcą w inny sposób zapewnić swoim firmom przewagę konkurencyjną na rynkach międzynarodowych. Jeśli byłaby to prawda, całkowicie przekreślałoby to założenia polskiej polityki zagranicznej i europejskiej w ostatnich latach, oznaczając jej całkowitą klęskę. Zarazem oznaczałoby to konieczność jej radykalnej weryfikacji. Instytut Jagielloński apeluje do rządzących o odstąpienie od działań na rzecz przyjęcia JPE jako zagrażających suwerenności i bezpieczeństwu ekonomicznemu Państwa oraz narażającego jego obywateli na straty finansowe związane z ograniczeniem konkurencyjności wielu typów produktów, a co za tym idzie, wzrostu ich cen.
{jumi [*9]}