Sucha część przepaści sięga wprawdzie tylko 69,5 metra, ale na jej dnie znajduje się wejście do jaskini podwodnej.
Czescy i polscy speleolodzy podczas wspólnej ekspedycji w 2016 roku, dzięki sondom pomiarowym, oszacowali głębokość jaskini na 404 metry. Jest to więc najgłębsza na świecie zatopiona jaskinia. Dotychczasowy rekord należał do włoskiej przepaści Pozzo del Merro, której głębokość oszacowano na 392 metry.
Obecnie przygotowywane są dalsze badania Przepaści Hranickiej. Naukowcy spodziewają się pobicia dotychczasowego rekordu. Pomiar jej głębokości jest bardzo skomplikowany ze względu na rozczłonkowanie systemu jaskiń, a także na drzewa i inne przeszkody, które nagromadziły się na dnie przez lata. Uniemożliwiają one łatwe zanurzenie sondy na maksymalną głębokość. Jest to również powód, dla którego dno jaskini nie zostało jeszcze zbadane.
