Władze – za wykonawcami - tłumaczą opóźnienie odkrywaniem przez budowniczych nieoznaczonych instalacji, których bieg trzeba było zmieniać, niewybuchów i innych przedmiotów wstrzymujących prace, a także np. złą pogodą. Te i inne obiektywne przyczyny spowodowały przesunięcie daty zakończenia budowy tego odcinka o 337 dni wraz z odbiorami inwestorskimi. Na te tłumaczenia przystały władze miasta. Do tej pory nie wiadomo jednak czy faktycznie konieczne było odcięcie tak dużego fragmentu śródmieścia Warszawy od pieszych i ruchu samochodowego .
Wśród przyczyn powodujących przestoje w trakcie budowy II linii metra były na przykład niewybuchy i niewypały znajdowane m.in. podczas budowy stacji Świętokrzyska oraz Centrum Nauki Kopernik. Łącznie było ich około 450 szt., m.in. 130 szt. pocisków artyleryjskich, 300 szt. amunicji oraz pociski moździerzowe. Także obiekty historyczne znajdujące się pod ziemią miały wpływ na trwającą budowę metra - największym nieoznaczonym obiektem były fundamenty fabryki z 1913 r. w rejonie Ronda Daszyńskiego, które zatrzymały prace ziemne na 22 dni. Warunki pogodowe, szczególnie zimą 2011/2012, spowodowały zatrzymanie prac konstrukcyjnych - np. prac betoniarskich na stacji: Rondo Daszyńskiego, Stadion i Dworzec Wileński.
Problemem, który w największym stopniu przyczynił się do przesunięcia terminu były niezinwentaryzowane instalacje podziemne. Brak umieszenia ich na mapach, spowodował konieczność przeprowadzenia dodatkowych, nieplanowanych prac projektowo- inwentaryzacyjnych oraz dokonanie uzgodnień z zarządcami sieci. Największe przestoje miały miejsce przy przebudowie infrastruktury w rejonie stacji Świętokrzyska (ponad 60 dni) oraz przebudowy sieci gazowej w rejonie stacji Rondo Daszyńskiego (70 dni). Mimo przesunięcia daty zakończenia budowy II linii metra, planowanym terminem uruchomienia odcinka centralnego drugiej linii będzie druga połowa 2014 r. Władze Warszawy zapewniają, że koszty prowadzonej inwestycji nie uległy zmianie.
